問(wèn)：

因?yàn)閛pls_aa力場(chǎng)中有專(zhuān)門(mén)的離子液體的力場(chǎng)而選。用的lammps軟件。在模擬中，問(wèn)題好多，跑著跑著，原子就會(huì)missing。初始位置，分子間隔的挺遠(yuǎn)，大約10埃，我dump force后發(fā)現(xiàn)，力都好大，不清楚啥個(gè)原因。
   打算換個(gè)力場(chǎng)試試，不知哪個(gè)力場(chǎng)好點(diǎn)。

答1：

是用Pauda他們組的力場(chǎng)嗎？二面角只有三個(gè)參數(shù)v1,v2,v3。我現(xiàn)在是剛開(kāi)始研究這個(gè)，這個(gè)問(wèn)題已經(jīng)困了我好幾天了，一直沒(méi)找出啥問(wèn)題來(lái)。希望你花一點(diǎn)點(diǎn)時(shí)間看看我的輸入文件吧。
LAMMPS input file

units           real
boundary        p p p

atom_style      full       #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
dihedral_style  opls
pair_style      lj/cut/coul/long  12
pair_modify     mix geometric tail yes
kspace_style    ewald 1.0e-4

#read_restart    restart.mix.*
read_data        data.il
#read_restart restart.mix.*

#fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3
neighbor        2.0 bin
neigh_modify  delay 3  every 1 check yes  #delay 3

fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279
fix 3 all nve  （文獻(xiàn)上說(shuō)可以先布朗運(yùn)動(dòng)下，所以我也設(shè)置了了一下）

timestep        0.1
dump           1 all  custom 20000 dump.atom.*.lammpstrj xu yu zu
dump           2 all custom 20000 dump.force.* id mol type element fx fy fz
dump_modify     1 flush yes
dump_modify     2 flush yes

thermo_style    custom step temp press  etotal vol lx ly lz
thermo          1000
thermo_modify   flush yes


run  1000000
我是做的（mmpy）（tsfi)這個(gè)分子，就兩對(duì)分子。我真的不知道哪里有問(wèn)題。。。

答2：

我在nve系綜下跑的minimize。我的參數(shù)是
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
min_style hftn
min_modify dmax 0.2

我的結(jié)果是：（我從log里面拷出來(lái)的）

minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:167)
Ewald initialization ...
  G vector = 0.227629
  vectors: actual 1d max = 2748 10 4630
Memory usage per processor = 24.4557 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0    161.97025    59.620071    221.59032   -139.69835
      52            0    139.99619    32.197295    172.19348   -13.155359
Loop time of 0.369925 on 48 procs for 52 steps with 72 atoms

Minimization stats:
  Stopping criterion = energy tolerance
  Energy initial, next-to-last, final =
         221.590316114      172.205685403      172.193484683
  Force two-norm initial, final = 334.999 8.36533
  Force max component initial, final = 89.5407 2.13135
  Final line search alpha, max atom move = 0.000551252 0.00117491
  Iterations, force evaluations = 52 255

Pair  time (%) = 0.000742118 (0.200613)
Bond  time (%) = 0.000933076 (0.252234)
Kspce time (%) = 0.182548 (49.3473)
Neigh time (%) = 0 (0)
Comm  time (%) = 0.176163 (47.6214)
Outpt time (%) = 0 (0)
Other time (%) = 0.00953816 (2.57841)

Nlocal:    1.5 ave 21 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 0 0 1 1 0 2
Nghost:    38.5625 ave 72 max 0 min
Histogram: 12 0 0 3 6 3 7 2 1 14
Neighs:    27.2708 ave 471 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 2 0 0 0 1 1

Total # of neighbors = 1309
Ave neighs/atom = 18.1806
Ave special neighs/atom = 10.2222
Neighbor list builds = 0
Dangerous builds = 0
min_style hftn
min_modify dmax 0.2