目前，離子液體在藥物遞送領域的應用還處于萌芽階段。高黏性和生物毒性是限制離子液體發展的主要因素。離子液體在室溫下呈高黏性，在溶解藥物時需要借助一定的機械外力。高黏性也限制了純離子液體的流動性，若想制備成透皮制劑，可能需要加入其他輔料調節其延展性。一方面，離子液體的生物毒性可能與離子液體的促滲機制有關。
Hayyan 等使用真實溶劑似導體屏蔽模型 (conductor-like screening model forreal solvents, COSMO-RS) 分析了離子液體的細胞毒性機制。模擬實驗表明，離子液體能夠與細胞膜的磷脂層發生很強的相互作用，其積累和聚集可能導致細胞破裂，從而引發細胞死亡；另一方面，雖然離子液體具有低揮發性，但很容易進入水、陸生態系統，從而對生物及其所處的環境造成威脅。因此，選擇合適的組分，并在制備時做好廢液的處理工作，能夠有效降低離子液體對生物和環境的危害性。
雖然近 5 年來有關離子液體的研究大量增加，但在藥物與離子液體的相互作用、離子液體與體內屏障的作用機制及離子液體的生物相容性等方面仍未形成系統性的認識，亟待更深入的研究。目前對離子液體的研究主要集中在咪唑類離子液體上，后續需要增加對其他組合離子液體的研究，探索離子液體潛在的生物活性和遞送方式。對于API-ILs是否會誘導耐藥性或者降低治療效果這一問題，也亟需系統完整的研究。未來研究人員可以利用離子液體作為載體的優勢，根據不同的疾病選擇合適的給藥方式，設計出更加簡單、安全和有效的遞藥系統。
